在20世纪60-70年代，专家们在仙人掌科内部的分类上争议相当大。英国亨特(D. Hunt)的系统仅84属，德国巴克贝格(C. Backeberg)的系统有233属。经过几十年的不断工作，随着一些微观的分类手段的应用，专家们的意见渐趋统一。1986年美国吉布森和诺布尔将仙人掌科分为3亚科121属;1993年德国Barthlott将仙人掌科分为3亚科98属;2001年美国的安特森将仙人掌科分为4亚科125’属(含3个杂交属);2006年英国的亨特和他的同事在《The New Cactus Lexicon》一书中将仙人掌科分为4亚科124属(共有1 438种另加378亚种)。
如同宏观的系统分类有被子植物系统发育小组(缩写为APG)一样，在仙人掌科的分类上也成立了以亨特为召集人的国际仙人掌科系统学小组(ICSG)，小组成员既有传统的形态分类学家(如亨特和安特森)，又有研究显微结构的专家(如德国的W. Barthlott)，还有擅长DNA分析的专家(如美国的R.Wallace)。可以说ICSG基本上囊括了目前最优秀的仙人掌科专家。因而亨特的这个新系统是集体智慧的结晶，估计短期内变动可能性(指大幅变动)不会太大。但也有研究指出:作为最原始的叶仙人掌迄今都不能证明是单源的，恐怕变动还会有，我们仍必须关心这方面的进展。
ICSG系统的分类序列如下:
CACTACEAE 仙人掌科
PERESKIOIDEAE 叶仙人掌亚科
Pereskia 叶仙人掌属
MAIHUENIOIDEAE 拟叶仙人掌亚科
Maihuenia 拟叶仙人掌属
OPUNTIOIDEAE 仙人掌亚科
Cylindropuntieae 圆柱仙人掌族
Austrocylindropuntia 南美圆柱仙人掌属
Cumulopuntia 垫状仙人掌属
Maihueniopsis 雄叫武者属
Tephrocactus 球形节仙人掌属
Pterocactus 翅子掌属
Quiabenia 顶花仙人掌属
Pereskiopsis 麒麟掌属
Cylindropuntia 圆柱仙人掌属
Corynopuntia 棍棒团扇属
Grusonia 白峰属
Opunticae 仙人掌族
Miqueliopuntia 朝雾珊瑚属
Tunilla 小摇属
Tacinga 长蕊掌属
Brasiliopuntia 猪耳掌属
Consolea 墨乌帽子属
Nopalea 胭脂掌属
Opuntia 仙人掌属
CACTOIDEAE 仙人球亚科
Echinocereeae 鹿角柱族
Pfeiffera 角纽属
Corryocactus 恐龙角属
Austrocactus 狼爪玉属
Eulychnia 壶花柱属
Armatocereus 花铠柱属
Jasminocereus 麝香柱属
Neoraimondia 大织冠属
Castellanosia 钟花柱属
Leptocereus 细阁柱属
Dendrocereus 树木柱属
Acanthocereus 刺萼柱属
Pseudoacanthocereus 伪刺萼柱属
Strophocactus 百足柱属
Peniocereus 块根柱属
Bergerocactus 碧彩柱属
Pachycereus 摩天柱属
Carnegiea 巨人柱属
Neobuxbaumia 大凤龙属
Cephalocereus 翁柱属
Escontria 角鳞柱属
Myrtillocactus 龙神柱属
Polaskia 雷神阁属
Steeocereus 新绿柱属
Echinocereus 鹿角柱属
Hylocereeae 量天尺族
Weberocereus 瘤果鞭属
Selenicereus 蛇鞭柱属
Hylocereus 量天尺属
Epiphyllur 昙花属
Disocactus 姬孔雀属
Pseudorhi psalis 伪丝苇属
Rhipsalideae 有斑苇属
Lepisrnium 丝苇族
Rhipsalis 丝苇属
Hatiora 念珠掌属
Schlurnbergera 仙人指属
Cerceae 轮柱族
Browningia 青铜龙属
Stetsonia 近卫柱属
Praecereus 岩棲柱属
Cereus 天轮柱属
Brasilicereus 褐凤龙属
Cipocereus 西波柱属
Pilosocereus 毛柱属
Micranthocereus 小花柱属
Espostoopsis 白丽翁属
Pierrebra unia 勃朗柱属
Stephanocereus 毛环翁属
Arrojadoa 猩猩冠柱属
Coleocephalocereus 银妆龙属
Melocactus 花座球属
Uehelmannia 尤伯球属
Trichocereeae 毛花柱族
Brachycereus 飞龙柱属
Leocereus 刺蔓柱属
Mila 小槌属
Pygmaeocereus 稚儿柱属
Haageocereus 金煌柱属
Espostoa 老乐柱属
Facheiroa 绯衣柱属
Lasiocereus 光芒柱属
Rauhocereus 龟甲柱属
Yungasocereus 优雅柱属
Weberbauerocereus 金髯龙属
Cleistocactus 管花柱属
Denmoza 绯筒球属
Oreocereus 刺翁柱属
Matucana 白仙玉属
Oroya 髯玉属
Samaipaticereus 棍棒花柱属
Harrisia 卧龙柱属
Arthrocereus 关节柱属
Echinopsis 海胆球属
Rebutia 子孙球属
Gymnocaycium 裸萼球属
Discocactus 圆盘玉属
Notocacteae 南国仙人球族
Neowerdermannia 群岭属
Eriosyce 极光球属
Parodia 锦绣玉属
Frailea 士童属
Blossfeldia 松露玉属
Yavia 隐果球属
Copiapoa 龙爪玉属
Cacteae 仙人球族
Echinocactus 金琥属
Astrophytum 星球属
Aztekium 皱棱球属
Geohintonia 欣顿球属
Pediocactus 月华玉属
Sclerocactus 琥玉属
THelocactus 瘤玉属
Turbinicarpus 娇丽球属
Strombocactus 菊水属
Lophophora 乌羽玉属
Obregonia 帝冠属
Ariocarpus 岩牡丹属
Neolloydia 圆锥球属
Epithelantha 月世界属
Mammilloydia 满月属
Leuchtenbergia 光山属
Ferocactus 强刺球属
Stenocactus 多棱球属
Coryphantha 菠萝球属
Cumarinia 薰大将属
Acharagma 金杯球属
Escobaria 松球属
Pelecyphora 斧突球属
Ortegocactus 矮疣属
Mammillaria 乳突球属
和以前一些系统相比，ICSG系统将仙人掌亚科分成17个属，这不仅大大超过亨特和Barthlott以前的系统(都是5属)，也比1966年Backeberg的系统多一个属。这是由于新的分类手段介人所致。亨特说，按DNA分析，仙人掌亚科应该分为5族，现在这个系统暂时分成2族。但是读者千万不要认为这5个族也许就是以前系统的5个属。在以前5个属中，顶花掌属(Quiabenia)和麒麟掌属(Peireskiopsis)很近;长蕊掌属(Tacinga)和仙人掌属(Opuntia)接近;翅子掌属(Pterocactus)则稍远一些。分析表明，圆柱仙人掌属(Cylindropuntia)和南美圆
柱仙人掌属(Austrocylindropuntia)两个外表接近的属亲缘关系很远。
仙人掌亚科是一个特点鲜明的类群，有的专家总结有5个特点:一是刺座具芒刺(亦称钩毛glochids);二是茎的外皮层细胞具大的二氧化钙晶簇;三是花粉粒多孔，外壁具奇特显微结构;四是种子包被由珠柄发育的假种皮;五是次生木质部有特殊管胞。
以上5个特点有的在仙人掌科其他亚科的一些种类上也具有，如二氧化钙晶簇在皱棱球和墨残雪这两个种中有发现。而芒刺特别是假种皮是其他亚科不具备的。据此，有专家称仙人掌亚科“表现为在中子类中特别特化和独有的型式”
仙人球亚科(Cactoideae)，有专家称之为昙花亚科，这一亚科历来是分类争议变动最大的。其中族、亚族、属的设立和归类非常混乱。但没有哪一个分类学家把另外两个亚科的(以前仙人掌科只分3亚科)种类归人这个亚科，这个亚科的成员也从未移到别的亚科中。DNA分析指出，所有这个亚科成员的质体基因rpoCl有内区缺失，缺失大约740 bp,表明这个亚科的所有成员都有共同的起源(Wallace, 1995; Wallace和Cota, 1996)。该事实证明，以前分类上尽管有争议，但大的线条还是统一的。也证明了工作只要做得好，宏观手段和微观手段各自得出的结论可以一致。
亨特新系统中在仙人球亚科中的一个明显改动是，将一个附生类型的属Pfeiffera(角纽属)移到鹿角柱族中。而以前都是归入量天尺族或丝苇族，也有不设立该属而并人Lepismium或Rhipsalis,亨特说这次改动的理由是分子证据表明它最接近Corryocactus(恐龙角属)。
此外，ICSG系统出现两个新属:Pierrebraunia和Yavia。Pierrebraunia 1997年由Esteves设立，2001年安特森将它并人Arrojadoa，这次重新确立。Yavia是2001年新设立的，属名为阿根廷胡胡伊省的一个地名，目前仅含1种—隐果球(Yavia cryptocarpa)。