百合科(Liliaceae)原来就有广义、狭义之分。广义有说288属4950种(吴征镒等，2003)，也有说280属4000种(张宏达等，2004);狭义的指175属2000种(侯宽昭等，1982)。现在即使是狭义百合科亦趋向更狭义，进一步分出许多科。和多肉植物有关的是芦荟科Aloeceae、吊兰科Anthericaceae、天门冬科Asparagaceae、日光兰科Asphodelaceae、矛花科Doryanthaceae、油籽草科Eriospermaceae、风信子科Hyacinthaceae和刺叶树科Xanthorhoeaceae等8个科。
原先的百合科Liliaceae现只有11属560种，不含多肉植物。在有些分类系统中，芦荟科等8个有多肉植物的科都属于天门冬目而不再属百合目(天门冬目和百合目都属百合超目，K.Kubitzki,2001),“虽然分得这样细，但科以下单位(亚科或族)之间，和其他科之间的亲缘关系并不总是清楚的，而又对大小范围有不同意见”(吴征镒等，2003)。如日光兰科就有广义、狭义之分，广义的包括芦荟科在内，有的书上称广义的Asphodelaceae为芦荟科。
目前通行的做法是“不得不分，但为了和《中国植物志》等保持一致，将这些单位放在一起叙述，可能更能表现他们之间相互关系”(吴征镒等，2003)。
国外多肉植物专着上都已将其分开了。没有任何一家植物园把芦荟标成百合科的。本文将这些分出来的科也放在一起叙述。
原百合科多肉植物分科检索表
1.小孢子发生同时型(Xanthorhoeaceae连续型)，甾类皂素偶有存在——(低天门冬目)
2.花上位，花梗无节
3.雄蕊和花柱不连合，蒴果同时有室间室背开裂
4.种子褐色，以垂直的半地下茎顶端产生大的多年生莲座状叶盘，花药假基着，分布澳大利亚——Doryanthaceae 矛花科
2.花下位，花梗具各种形状的节
5.花粉单槽，但偶也有3槽
6.根状茎条状，通常横向偶尔垂直但决不呈球状
7.种子黑色，光滑无毛，针晶体存在，子房不在雌蕊柄上
8.花药背着，植株含蒽酮，肉质植物或具较高木质茎
9.肉质草本或木本，花梗有节，花两轮星状，子房3室，每室2胚珠，室背开裂朔果，种子时有假种皮，胚在种子纵轴上，分布广，主产南非——Asphodelaceae 日光兰科
——肉质草本或木本，花瓣2轮，外轮下部靠合或连合成直或弯的管状，子房3室，每室有数个胚珠，多为室背开裂蒴果但少数为不裂肉质浆果——Aloeceae 芦荟科
——含树脂的多年生植物具粗的木质茎，叶顶生形成莲座状叶盘，花梗无节，花被片宿存木质化，种子不具假种皮，胚在种子横轴上，分布澳大利亚——Xanthorrhoeaceae 刺叶树科
1.小孢子发生连续型,甾类皂素普遍存在(高天门冬目)
10.种子黑色
11.植物叶不发育，具扁平或针状的叶状枝，花梗具节，蒴果稀坚果——Asparagaceae 天门冬科
——植物叶充分发育，叶状枝不存在
12.具球形根状茎，穗状、总状或圆锥花序具花葶但无节——Hyacinthaceae风信子科
——根状茎决不呈球形，叶无柄，花梗具节，心皮和花柱连合——Anthericaceae 吊兰科
10.种子褐色或更淡的颜色
13.块根状宿根草本，花梗不具节，种子有毛，外胚乳富含油——Eriospermaceae 油籽草科